A segurança de operação dos voos da Air Koryo sempre foi contestada por diversos países, apesar da companhia não ter um registro tão extenso de acidentes no período recente.
No entanto, a IATA aprovou as operações e a segurança da companhia em uma Auditoria de Segurança Operacional, que avalia boa parte das companhias aéreas de todo o planeta.
O Programa de Auditoria de Segurança Operacional (IOSA) da IATA é reconhecido como um padrão global em segurança aérea e eficiência operacional. É um pré-requisito para ser membro da IATA, mas vai muito além disso. O site da IATA afirma que cerca de 32% das companhias aéreas no registro da IOSA não são membros da IATA, demonstrando a importância desse padrão mesmo fora do ecossistema de membros da IATA.
O certificado de segurança da companhia pela IATA é válido até o dia 03 de outubro de 2020, quando a companhia ará por uma nova avaliação.
Apesar disso, a Air Koryo continua proibida de voar para a União Europeia (UE), exceto pelos seus dois aviões Tupolev 204, os mais novos da frota, que podem realizar voos não regulares.
A Air Koryo é conhecida por ser a única companhia da Coreia do Norte. Estatal, a empresa opera uma frota com aviões com bastante uso, muitos da época que o país era um aliado da URSS, e podia comprar novas aeronaves sem embargos.
